2000年5月20日，北大附中深圳南山分校诞生在雄伟的南山脚下，旖旎的珠江口左岸。它是北京大学、香港科技大学和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是深圳市南山区教育局和北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。
北大附中深圳南山分校东依科技园，西眺伶仃洋，北出南头关，南抵蛇口港，是南山区一所全新的现代化、花园式学校。南山区山海景致迷人，半岛风情浓郁；经济文化繁荣，科技、教育力量雄厚；深圳湾大桥从海上飞跨香港，沿江西部通道贯穿珠三角腹地。在三十年改革开放发展成果的强劲支撑下，南山区政府继续解放思想，锐意突破创新，以国际化眼光定位城市发展模式，以率先姿态倾力打造广东省教育示范强区。北大附中深圳南山分校坐拥如此得天独厚的区位优势和卓越的人文地理环境，可谓物华天宝，钟灵毓秀。